Bảo Hoa Tự là một trong những ngôi chùa cổ lâu đời ở Côn Minh, đóng vai trò quan trọng trong đời sống tôn giáo của người dân bản địa. Được xây dựng từ thời nhà Minh (1368–1644), ngôi chùa này vẫn đứng vững qua nhiều thế kỷ chứng kiến nhiều đổi thay trong lịch sử thăng trầm. Ban đầu chùa được xây dựng làm nơi thờ cũng tâm linh của người dân. Công trình được xây dựng trong 7 năm và quy tụ nhiều nghệ nhân thời bấy giờ. Chính vì vậy, Bảo Hoa  Tự mang đậm kiến trúc phật giáo truyền thống được thể hiện qua các toà tháp, tượng Phật uy nghi và khố đá được chạm khắc tinh tế.

Trải qua thời gian thăng trầm chùa chưa từng xuống cấp bởi biến động thiên nhiên và lịch sử. Đến năm 2003 chùa Bảo Hoa Tự được trùng tu và mở rộng quy mô khôi phục vẻ đẹp cổ kính mà còn nâng tầm công trình văn hoá tâm linh tiêu biểu của Côn Minh.